Տարածված թյուր կարծիք կա, որ ատոմակայանի մոտ ապրելը կամ աշխատելը վտանգավոր է առողջության համար: Այս թեմայի շուրջ հանրային անհանգստությունը մնում է մեծ՝ պայմանավորված միջուկային էներգիայի անվտանգության վերաբերյալ գիտելիքների բացակայությամբ:

Ի տարբերություն ջերմաէլեկտրակայանների, ատոմակայաններն օդը չեն աղտոտում թունավոր նյութերով կամ ջերմոցային գազերով:

ԱԷԿ-ն գործնականում չի արտանետում վնասակար նյութեր մթնոլորտ, իսկ ռեակտորները պաշտպանված են օդաճնշական թաղանթով, պողպատե պատյաններով և մի քանի մետր հաստությամբ բետոնե պատերով: Ավելին, ատոմակայանները հազվադեպ են կառուցվում բնակեցված տարածքների մոտ. դրանք սովորաբար տեղակայված են բնակավայրերից զգալի հեռավորության վրա: Օրինակ, մեգապոլիսներում ապրելը շատ ավելի վտանգավոր է՝ պայմանավորված քիմիական և արդյունաբերական ձեռնարկությունների մեծ քանակով:

Չնայած որոշ ռիսկերին, միջուկային էներգետիկան շրջակա միջավայրի համար ավելի բարենպաստ է՝ համեմատած ավանդական էներգետիկայի հետ, մասնավորապես՝ ածուխի և բնական գազի օգտագործման դեպքում:

Ջերմաէլեկտրակայանները, անկախ վառելիքի տեսակից, մթնոլորտ են արտանետում ջերմոցային գազեր (ինչպիսին է ածխաթթու գազը), որոնք հանդիսանում են գլոբալ տաքացման հիմնական պատճառ: Ածուխի օգտագործման դեպքում արտանետումները հատկապես բարձր են: Ի հակադրություն՝ ատոմակայաններն աշխատելիս մթնոլորտ աղտոտողներ չեն արտանետվում, սակայն գոյություն ունի միջուկային թափոնների խնդիր, որը պահանջում է հատուկ վնասազերծում և պահպանում:

Ատոմակայանների էկոլոգիական մաքրության հիմնական գործոնը էներգիա արտադրող փակ համակարգն է: Կայանի շրջակա միջավայրի հետ միակ ուղղակի շփումը ջրային գոլորշու արտանետումն է, որը տեղի է ունենում սառեցման աշտարակներում: Այս գոլորշին իրականում մաքուր ջուր է, որը տաքանում է էլեկտրաէներգիայի արտադրության ընթացքում և ամբողջությամբ անվնաս է շրջակա միջավայրի համար: